Garnier bị giết, quân Pháp ở thành Hà Nội lâm vào tình thế hoảng loạn, nếu không nhờ có linh mục Puginier và Dupuis thì quân Pháp đã bỏ thành theo đường thủy chạy về Sài Gòn. Tuy nhiên cái chết của đại úy Garnier cũng đặt dấu chấm hết cho cuộc phiêu lưu quân sự này tại Bắc Kỳ. Dẫu vậy, cũng chỉ hơn một tháng sau, đại úy Philastre, một người học chữ Nho, công bằng và có tiếng rất thiện chí với phía Việt Nam, được cử ra giải quyết những rắc rối tại Bắc Kỳ đã cho rút hết quân khỏi Hà Nội và trao trả lại Bắc Kỳ cho nhà Nguyễn. Giám mục Puginier phản đối việc đại úy Philastre cho rút quân tức tốc và vô điều kiện vì sợ giáo dân và những người được coi là thân Pháp, bất kể lương hay giáo, đã nhận phục vụ Pháp do tin vào lời hứa của Garnier, sẽ bị trả thù. Tuy nhiên, đại úy Philastre không nghe theo.